在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。

名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平 饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里 饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则 饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有危机的现场。新一能否攻克重重障碍，最终走到答案揭晓的时刻呢？ 本片改编自漫画家青山刚昌的同名漫画，是真人版的第四弹。

コラボエピソード「乱歩邸殺人事件」は、劇場版「名探偵コナン 100万ドルの五稜星（みちしるべ）」にも参加した大倉崇裕が脚本を執筆。旧江戸川乱歩邸が物語の舞台となり、江戸川乱歩をめぐる難事件が発生する。 　　小林先生の引率で乱歩邸を訪れた少年探偵団。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮だったが、そこへやってきた佐藤刑事と高木刑事に近くの公園で殺害事件が発生したことを告げられる。事件の被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係しているという。

这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村。在那个村子里流传着巨大的伯劳鸟袭击村人，并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。而工藤新一将一步步解开村子内的怪鸟传说之谜。

被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。 铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……

广告导演并木俊介（役所广司饰）和妻子美菜子为了女儿的前途，送她去一间位于偏僻湖畔边的别墅参加特别学习，同行的还有另外两个家庭。并木并不赞成对孩子采取极端的教育方式，让他们过早地参与到竞争中来，但是其他父母都认为在日本，只有从小学会竞争方法，日后才有出路。并木的情妇英里子以工作为借口来到别墅找并木，并在湖畔宾馆住下，约好并木当晚相见。想不到当晚便被美菜子杀害，令并木大惑不解的是，所有人都愿意为了美菜子来隐瞒这件事情，他们毁尸灭迹，把英里子的尸体扔进湖心深处。虽然说是为了不影响孩子的前途，可是大家的热心劲实在是让并木无法理解。背后到底埋藏着一个怎样的秘密？

以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。新一和犯人之间即将展开生死搏斗！

京都传统工艺学院的事务总长谷本克子(栗田优子)的尸体，在竹林中被人用竹子从背后贯穿而死。京都著名的狩矢庄助(船越英一郎)警部开始展开调查。…

“俩人都无罪吗？那我的儿子是谁杀的？”-故赵忠必的母亲　　我的儿子是三代独子，是一个非常懂事的孩子。但就这样的孩子却遭到了没有任何理由的杀害，…

在东京郊外的便当厂工作的4名中年主妇各有各的烦恼。雅子家庭破裂，佳恵的婆婆卧病在床，邦子有巨额债款要还，而弥生则忍受着丈夫的家庭暴力。一天，弥生一时冲动，失手杀死了丈夫。雅子等三人也卷了进去帮助弥生将尸体肢解，扔进了垃圾堆。尸体被发现后，警方将佐竹作为嫌疑犯，雅子因此逃脱了罪责。随后四人又受开借贷公司的十文字之托，处理了一具尸体从而获得了高额报酬。被释放后的佐竹开始了复仇，他砍了十文子的手，还杀死了佳惠的婆婆。而在佳惠将佐竹杀死后，四人又开始面临警方的追诘。雅子等三人留下准备自首的佳惠，逃往北海道……